Hvordan klimaendringer vil påvirke El niño, La niña og andre stadier av svingningen El Niño Southern Oscillation (ENSO) er høyst usikkert. Bakover i tid har styrken av ENSO variert mye. Det har vært flere sterke El niño og La niña siden 1950 enn i hundreåret før, men slike variasjoner er ikke uvanlige og trenger ikke å skyldes klimaendringer.
For fremtiden viser ulike klimamodeller ulik utvikling. Resultatene avhenger også av tilfeldige værforhold som ikke har noe med ENSO å gjøre, og av hva slags utslippsscenario man bruker, altså av hvor mye CO2 vi mennesker vil slippe ut.
Mange av dagens klimamodeller sliter med å gjenskape temperaturen i deler av det tropiske Stillehavet korrekt, og det skaper problemer når man skal modellere hendelser som El niño og La niña.
Konklusjonen er at man ikke kan avskrive noen av mulighetene – verken at utslagene av ENSO blir sterkere eller svakere. En endring som uansett følger av varmere luft, er at det dannes mer vann i luften. Derfor vil det kunne bli enda våtere i områder der El niño eller La niña forsterker regnet.